Con el nombramiento de teniente general, López Arias forma parte de la turbamulta que amaga la ciudad de México. En la retirada, al ser dispersada en Aculco por las tropas realistas, elige huir con Allende a Guanajuato -con quien se identifican más los antiguos oficiales provinciales- y no con Hidalgo a Valladolid (Morelia).

En septiembre de 1810 el capitán Joaquín López Arias pasa de ser conspirador en Querétaro a ser delator de sus compañeros, incluidos el corregidor Miguel Domínguez y su esposa Josefa Ortiz. Luego parte a Celaya a convencer a los rebeldes dirigidos por Miguel Hidalgo de abandonar su campaña; pero, una vez allí, se une a ellos cayendo en una doble traición y marcha como insurgente.

¿Cómo explicar el proceder de Joaquín?… Seguramente el miedo a ser capturado le llevó a delatar la conjura de Querétaro, convencido, por lo demás, de la falta de condiciones para iniciar una rebelión. Luego, la decisión mostrada por el cura Hidalgo en la gloriosa noche de Dolores y su impetuosa marcha por el Bajío le reveló su error. Hidalgo, partiendo de cero, había logrado levantar al pueblo, colocando al virrey recién llegado, Francisco Javier Venegas, entre la espada y la pared.

Con el nombramiento de teniente general, López Arias forma parte de la turbamulta que amaga la Ciudad de México. En la retirada, al ser dispersada en Aculco por las tropas realistas, elige huir con Allende a Guanajuato -con quien se identifican más los antiguos oficiales provinciales- y no con Hidalgo a Valladolid (Morelia).

Después de la derrota en Guanajuato frente a las tropas del general Calleja, los oficiales se reencuentran en Guadalajara con Miguel Hidalgo, quien encabeza un recién creado gobierno independiente -tan suntuoso como cruel- de cuyos puestos prominentes ellos han sido excluidos. Por ello es natural que intriguen contra el cura e incluso hayan planeado envenenarlo.

La inesperada derrota de los independentistas en Puente de Calderón, donde son arrasados por Calleja pese a contar con una numerosa artillería, da la pauta a Allende y sus seguidores para relevar a Hidalgo del mando supremo. Acusado del fracaso, el clérigo marcha como cautivo de sus antiguos subordinados, recibiendo –según su declaración posterior reproches continuos de Arroyo, Casas y López Arias.

A las órdenes de Allende, el resto de las tropas insurgentes avanza por Zacatecas hacia el norte sufriendo de sed y hambre. El nuevo objetivo es alcanzar la frontera con los Estados Unidos, quizás sólo para ponerse a salvo -como murmuran muchos- o bien para comprar armas y bastimentos -como lo difunden los líderes- y poder reiniciar la lucha.

Llegan a Saltillo a principios de marzo de 1811 y allí Hidalgo y Allende reciben un comunicado de las autoridades virreinales ofreciéndoles el indulto a cambio de su pacificación. Ambos lo rechazan sabiendo que cuentan aún con una gran cantidad de efectivos, cuantiosos caudales y sobre todo las provincias septentrionales a su favor.

Ante la retirada, Ignacio Allende decide nombrar a un encargado que mantenga la lucha mientras ellos regresan y propone a Mariano Abasolo; pero éste se excusa. Otro tanto hace Joaquín López Arias cuando el destino le brinda la oportunidad de reivindicarse históricamente.

¿Desconfiaban los militares propuestos de su capacidad de liderazgo o temían el abandono de Allende?… El encargo finalmente recae en Ignacio López Rayón, personaje convencido de la causa y con varios familiares dentro de ella; pero no incondicional al grupo allendista.

Teniendo como escala la ciudad de Monclova, Allende solicita al gobernador insurgente Pedro Aranda que le envíe una escolta a las norias de Baján para protegerse de cualquier imprevisto. El mensaje llega oportuno; sin embargo, Aranda ya ha sido destituido por otro doble traidor: Ignacio Elizondo, quien ha transitado del bando gubernamental al de los sublevados y, no viendo allí satisfechos sus intereses personales, busca ahora la mejor manera de reintegrarse a los realistas.

Con sus compañeros, Joaquín sale de Saltillo el 16 de marzo de aquel 1811. El día siguiente pernoctan en Santa María; el 18 en la hacienda de Naelo; el 20 llegan a La Joya para surtirse de agua en el pozo del lugar; pero éste se encuentra seco.

A la vez, más de 300 hombres al mando de Elizondo ocupan las norias de Baján y un espía colocado en La Joya los mantiene al tanto de la situación. Los cabecillas viajan tan confiados que aceptan la sugerencia del mismo espía de adelantarse los jefes al día siguiente para tomar agua, pues tampoco hay mucha en Baján.

Así, a la mañana siguiente, los líderes llegan primero, seguidos de los oficiales, la tropa, la artillería y al final la caballería al mando de Rafael Iriarte, encargado de resguardar la columna.

Uno a uno los recién llegados son capturados, amarrados y escondidos, aprovechando las ligeras elevaciones del lugar. Los primeros en caer en la celada son algunos clérigos y varias mujeres que arribaron en carruajes. Luego, en uno de los carros, llegan Allende, su hijo Indalecio y López Arias. Al darse cuenta de la traición intentan oponerse y hacen algunos disparos, la respuesta provoca la muerte del joven Indalecio, así como heridas de gravedad en Joaquín.

Con el atardecer, Ignacio Elizondo había logrado la captura de 893 insurgentes; entre ellos, Hidalgo y los dirigentes principales. La caballería de Iriarte consigue huir rumbo a Saltillo. La agonía del yurirense Joaquín López Arias llega a su fin, logrando con su muerte la distinción de mártir de la libertad que no alcanzó durante su agitada vida.